根据语境，"行船的速度极快，来往船只很多，他操纵自如，毫不手忙脚乱" 这句话需要填入表示转折关系的关联词。结合选项分析如下：

虽然……但是

表示尽管存在不利条件（速度快、船只多），但结果仍出乎意料地顺利（操纵自如）。这与句意完全吻合。

因为……所以

表示因果关系，但原句中“速度快”与“操纵自如”并非因果关系，而是并列的驾驶能力表现，故不合适。

无论……都

表示无条件关系，但原句强调的是在复杂环境下的应对能力，而非无条件的能力，故排除。

综上，最合适的关联词是 虽然……但是，完整句子为：

虽然行船的速度极快，来往船只很多，但是他操纵自如，毫不手忙脚乱。