宋代制科考试的一二等之所以虚设，主要有以下原因：

高门槛：

制科考试的要求非常高，能够被评为第三等已经是非常不容易的事情。在北宋开国一百多年的时间里，据说只有一个叫吴育的人曾被评为第三等，苏轼这次是继他之后第二次有人评上第三等，实际上就是最高分。因此，一二等虚设可以理解为是因为考试难度极大，能够达到的人非常少。

特殊需求：

制科考试不是常设的，只有在皇帝认为需要选拔特别优秀人才的时候才会特别开设。朝中大佬和皇帝会对制科的卷子特别认真，对制科出身的人特别关注。制科一等二等虚设，制科三等赐“进士及第”（等同于进士科的状元、榜眼、探花），制科五等赐“进士出身”（等同于进士科二甲的功名）。这种设置使得制科考试成为了一种特殊的人才选拔方式，能够满足皇帝和朝中大佬对特别优秀人才的需求。

避嫌：

在科举考试中，为了避嫌，有时会将某些优秀考生的名次进行调整。例如，苏轼的试卷被误认为是他的学生曾巩的，为了避免引起猜疑，主考官欧阳修将其名次从第一名排到了第二名。这种情况也反映出制科考试中存在一定的主观性和避嫌因素，可能导致一二等虚设。

综上所述，宋代制科考试的一二等虚设，主要是因为考试难度极高，能够达到的人非常少，同时制科考试作为特殊的人才选拔方式，满足了皇帝和朝中大佬对特别优秀人才的需求，并且存在避嫌的考虑。