南京高考试卷被认为难的原因主要有以下几点：

计分制复杂：

江苏高考的总分为480分，包括语文、数学、英语，以及文科生的语文附加题和理科生的数学附加题。此外，考生还需要参加小高考和计算机测试，这些测试的成绩会影响高考的录取。

没有选择题：

江苏高考的数学试卷没有选择题，而是直接有14个填空题，这使得考生无法通过猜测来得分，必须依靠扎实的基础知识和解题技巧。

考生水平高，竞争激烈：

江苏省的教育水平较高，考生整体学习能力较强，这使得竞争更加激烈。为了选拔出成绩突出的学生，试卷必须有较多的难题。

选拔性考试：

高考作为选拔性考试，其难度设置是为了能够有效区分考生的水平，从而选拔出最优秀的人才。

人口大省的压力：

江苏省是人口大省，名额有限，这也使得高考难度较大，因为需要从大量考生中选拔出少数优秀者。

教育资源分布不均：

南京的学生基数大，但办学资源分布不均，导致一些地区的高中和学生获得的资源较少，这影响了南京高考的整体成绩。

顶尖学生选择其他途径：

南京的一些顶尖学生凭借成绩或家庭实力，不参加高考，而是直接保送名校或出国留学，这使得南京高考的成绩受到一定影响。

试卷难度：

江苏的考题一直被认为很难，很多考生无法完成试卷。江苏考生在上大学后，会发现其他省份的同学在做题上存在差距，如矩阵、积分、柯西不等式等题目在江苏考生高中就已经学过。

升学竞争激烈：

江苏省内的好学校较多，但一本率、211率和985率并不高。尽管有众多优质高校在江苏，但录取竞争依然激烈。

中学资源有限：

苏南地区的教育资源相对较好，而苏北地区每个县只有一所四星级高中，学生上不了这些学校就只能靠自己学习，这也增加了高考的难度。

综上所述，南京高考试卷的难度主要在于其复杂的计分制、没有选择题的数学试卷、考生整体水平高竞争激烈以及作为选拔性考试的需要等多个因素共同作用的结果。